Jeho kariéra začala v amatérských filmových klubech, kde natočil jedenáct filmů, které získaly ocenění doma, ale zejména v zahraničí. Přes tuto zkušenost se propracoval k profesionálnímu filmu, kde se zařadil mezi polské režiséry tzv. filmu morálního neklidu reflektující společenskou situaci v Polsku od šedesátých do osmdesátých let. Jak je zvykem tohoto silného proudu, i v jeho filmech jsou kladeny otázky o poznání smyslu života a těch správných hodnot.

Zanussi debutoval v roce 1969 filmem Struktura krystalu (Struktura krysztalu) ke kterému si napsal také scénář. Další jeho filmy Rodinný život (Zycie rodzinne, 1971), Čtvrtletní bilance (Bilans kwartalny, 1974), Konstanta (Constans, 1980), Kontrakt (1980) či Imperativ (1982) již patří mezi výše zmíněné filmy morálního neklidu.

Z jeho dalších filmů stojí za jmenování například Rok klidného slunce (1984), Ať jsi kdekoliv …, (1988), Dotek ruky (Dotkniecie reki, 1992) nebo na MFF v Karlových Varech promítaný film Život jako smrtelná choroba přenášená pohlavní cestou (Zycie jako smiertelna choroba przenoszona droga plciowa, 2000).
Krzysztof Zanussi se vedle psychologických hraných úvah věnuje také tvorbě dokumentů, věnuje se pedagogické činnosti a v neposlední řadě je aktivní i v polských a evropských uměleckých organizacích, kde zastává vysoké funkce. Je členem Evropské filmové akademie, prezidentem FERA (Evropské federace audiovizuálních tvůrců, přednáší na filmových školách např. v Lodži, na National Film School v Londýně, od roku 1992 je profesorem na Slezské univerzitě v Katovicích a má několik titulů doktor honoris causa. Je šéfem filmového studia „Tor“. Na 29. LFŠ Uherské Hradiště mu byla udělena Výroční cenu AČFK za rok 2003. Režisérsky se podílel více než na 70 filmech, pod 59 filmy je podepsán jako scénárista, produkčně se podílel na 12 filmech. Jako herec se nám představil poprvé v roce 1979 ve filmu Amatér (Amator), kde ztvárnil sám sebe. Od té doby totéž učinil ještě několikrát.

Z jeho filmových ocenění zmiňme festival v Cannes, kde již třikrát byl nominován na Zlatou palmu (filmy Rodinný život, Spirála, Konstanta). Kromě těchto nominací zde získal Cenu poroty pro film Konstanta a Cenu ekumenické poroty pro filmy Spirála a Konstanta.

Jeho předposlední film Persona non grata získal v roku 2005 Cenu poroty (Krzysztof Zanussi) a Cenu za vedlejší mužskou roli pro Nulitu Michalkova na FPFF v Gdyni.